?

Log in

No account? Create an account
entries friends calendar profile Мой сайт Previous Previous Next Next
Ничего лишнего
Вашу логику повесьте здесь
leolion_1
leolion_1
барышня и интеграл
rКстати, о "птичках".  Когда женщину "скрещивают" с чем-нибудь умным, обычно говорят "интеграл" - и вся недолга. Ну, вроде как нечто такое умно-отвлеченное озвучили, и вроде как женщина какой-то никому непонятной штукой занимается, чем-то весьма абстрактным и неподвластным взгляду и эстетическому восприятию. И мало кто представляет себе, как же оно выглядит и выглядит ли вообще.

Все, что внизу - примеры сотворенных скромной персоной владелицы журнала (и подведомственной персоне научной группой, разумеется) - то есть нами - химических "наноинтегралов". **Кто выдаст версию, наиболее близкую к верной, о том, из чего сделаны "крабики" и "кораллы" - получит приз (серьезно). 

Это то, что останется после нас (и мы надеемся, что это еще не все). 


Пленка Ленгмюра-Блоджетт (ПЛБ) толщиной 40 нанометров на основе  дифильного макроцикла, содержащего серебро. Пленка химически "проштампована" мягкой гелевой литографией с помощью рельефного кусочка агарозы, содержащей иодистый калий.


Дорожковые смешанные структуры сульфидов                           То же самое с бОльшим увеличением,  
свинца и меди, выращенные с помощью направленной                 снятое  электронным микроскопом

 диффузии в пленке стеарата кальция 
(толщина пленки около 20 нм).



ПЛБ-"салфетка" из очень простых веществ - стеариновой кислоты и октадециламина (попросту - почти что из мыла) с перпендикулярными и параллельными каналами. Получено субстрат-индуцированным фазовым распадом.




Схема механизма сборки "двойных плоскостей"  (вместо двойной спирали) из нуклеотидов на макроциклических  нанотемплатах (гордись, страна!). 


Ну и наконец, "крабики" и "кораллы"








Кто говорил, что вокруг должно быть все красивое, а? Антон Павлович, скорее всего... :)





 

Метки:

26 комментариев or Оставить комментарий
Comments
leapardavna From: leapardavna Date: Июнь, 15, 2007 10:11 (UTC) (Ссылка)
"Крабики" и "Кораллы" органического происхождения?
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 15, 2007 10:29 (UTC) (Ссылка)
Не совсем. Это нечто неорганическое, самоорганизованное в простейшей органической матрице (собственно, это не секрет - матрица та же, что и у "салфетки").
leapardavna From: leapardavna Date: Июнь, 15, 2007 10:34 (UTC) (Ссылка)
Вечером, если никто так и не угадает, расскажете что это такое? Интересно же. Сама я ответа однозначно не дам - химию после школы благополучно забыла, хоть и знала назубок.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 15, 2007 10:40 (UTC) (Ссылка)
ОК - время "Ч" 20.30
vigna From: vigna Date: Июнь, 15, 2007 15:46 (UTC) (Ссылка)
Гм... У меня что-то похоже выглядящее получается только если забыть форезный буфер в камере. Он высыхает и соль кристаллизуетсяЮ образуя похожие узоры. Но это недостаточно нанотехнологично.
Кстати, а можно поподробней о двойных плоскостях? А то я там знакомые слова вижу - аденины всякие, урацилы... А к чему они тут - не понимаю.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 15, 2007 15:57 (UTC) (Ссылка)
К Ангевандте Шеми или Ленгмюру доступ есть? Мне проще будет дать Вам ссылку на статью или сбросить пдф к Вам на мыло.

Реферативно - то, что Вы видите - это самосборка трифосфатов (собираются и любые другие) на композитном супрамолекулярном темплате. Темплат представляет собой "встречно-штырьевой" бислой из САМ алкантиола и дифильного цинкового комплекса бисцилена. Цинковые комплексы цикленов биологи используют для распознавания единичного полиморфизма в ДНК и блокировки ТАТА-боксов. Эти соединения координируют селективно имидную группу урацила и тимина. Но они же еще эффективнее связывают фосфат моноэфиры (дианион).

Поэтому если такой темплат поместить в раствор с комплементарными нуклеотидами - они самоорганизуются в бислой (с помощью стерически направленной сборки из-за определенной структуры бисциклического лиганда).
И соберутся только так, чтобы число А и Т(U) было строго одинаковым в нижнем и верхнем слое - без ошибок, как в ДНК. И все это происходит в водной среде:) И строго специфично - система нетолератна к miss pairing (будет статья в JACS к середине осени). И можно собрать и G + C, а можно - все четыре, и все равно - оба слоя будут строго комплементарны друг другу.
vigna From: vigna Date: Июнь, 15, 2007 18:48 (UTC) (Ссылка)
Насчёт доступа не знаю. Это какое издательство? У нас есть доступ почти ко всем журналам Springer и к некоторым Blackwell.
Но n и n+1 нуклеотиды не соединены? Соединены (водородными связями, я так понимаю) только лежащие напротив комплементарные нуклеотиды?
А то, как они собираются, от чего зависит - от структуры темплата? Можно ли его организовать так, чтобы получить заранее заданную последовательность?
Потому что если бы можно было получать заданную последовательность и соединять соседние нуклеотиды, был бы хороший способ синтеза генов.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 18, 2007 09:33 (UTC) (Ссылка)
Это Wiley и ACS. Могу сбросить пдф на мейл.
Нуклеотиды нижнего слоя координированы на темплат терминальными фосфатными группами, между комплементарными слоями (и внутри каждого слоя латерально) действует п-стэкинг - его энергетический стабилизирующий вклад основной. Уотсон-Крик действительно связывает нуклеооснования верхнего и нижнего слоев, но он же работает и на стадии сборки нижнего слоя (картинка в, вторая стадия механизма).
После посадки комплементарного нуклеотида через фосфат на соседний макроцикл процесс образования и разрушения водородных связей между ними приходит в равновесие, а верхний слой формируется прочно за счет кооперативности и упомянутого п-стекинга.

Насчет заданных последовательностей - мы над этим работаем:) Сейчас в ход пойдут трис-циклены - это тройные макроциклы. Если сажать на них нуклеотиды по трое - не мне Вам говорить, что это прототип искусственного кодона.
softwizard From: softwizard Date: Июль, 3, 2007 07:52 (UTC) (Ссылка)
А как вы будете шаблон собирать? Его ведь тоже откуда-то "считать" надо. :)

Теоретически говоря, органическая химия позволяет синтезировать матрицу и большей длины, только уж очень сложно и дорого на практике.

Лучше объясните мне, откуда взялось слово "темплат"? Я понимаю "кальки", когда нет подходящего слова в языке, либо нужно специально дистанциироваться от уже существующих слов. Но тут-то?
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июль, 3, 2007 09:11 (UTC) (Ссылка)
Не совсем поняла, что имеется ввиду. Шаблоны уже собраны. Поли-макроциклические молекулы синтезированы немецкими партнерами, далее уже мы их усадили монослоем на поверхность с помощью специальных приемов. Вот и все. А сборка нуклеотидов на шаблоне - чистая самоорганизация.
Темплат взялся там же, где и слово "паттерн" - потому что слово "выкройка" звучит немного не того.
softwizard From: softwizard Date: Июль, 3, 2007 12:46 (UTC) (Ссылка)
Я правильно понял, что у Вас на каждом шаблоне сидит всего два основания?
А речь шла о том, чтобы таких оснований было десятки, сотни, тысячи, чтобы на них можно было любой ген, по собственному желанию, синтезировать.

Что касается "выкройки" - чем слово шаблон-то плохо? Паттерн - да, его тяжело одним словом перевести, слишком многозначное.

Вы извините, что я придираюсь. Просто уж очень ужасно звучит слово "темплат". Бррр!
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июль, 3, 2007 12:58 (UTC) (Ссылка)
Так я же не одну молекулу так на плоскость посадила (это схема, нарисованная с применением лезвия Оккама), а желаемые Вами сотни тысяч. И это не для синтеза генов. Вообще, залезте в Вилей
Turygin D.S., Subat M., Raitman O.A., Arslanov V.V., Konig B., Kalinina M.A.* // Cooperative Self-Assembly of Adenosine and Uridine Nucleotides on a 2D Synthetic Template // Angewandte Chemie Int. Ed. 2006, 45, 5340 –5344.

Так понятней будет, о чем речь. ЕСли доступа нет - могу сбросить Вам эту статью плюс на ту же тему в Ленгмюре на мейл.

* А мне темплат нравится - привыкла. Просто я на русском практически не публикуюсь, так что придираться ко мне некому, а редкие русскоязычные статьи и так берут.
softwizard From: softwizard Date: Июль, 3, 2007 13:15 (UTC) (Ссылка)
Да я понимаю, что это не для генов и даже примерно представляю для чего это и как это, хотя химией не занимался уже больше десяти лет.

Я же отвечал на реплику, посвященную именно генам. :)

Статью будет интересно посмотреть, сбросьте, если не сложно. petkh at hotmail dot com.

* Что темплат нравится - не удивительно. Я знаете с каким трудом заменяю в речи "митинг" на "совещание" и "встречу". У моего друга прикольные случай был: ему мама звонит, а он ей "я не могу, я на митинге". Ей чуть плохо не стало, решила, что сын в политику подался...

** я только сейчас, кажется, начал понимать, с кем общаюсь :))) Не уверен, впрочем, что правильно. :)

*** редкие русскоязычные статьи - больная тема. За державу обидно. Публикуют сейчас вообще все подряд.
vigna From: vigna Date: Июнь, 15, 2007 15:51 (UTC) (Ссылка)
Ой, а я случайно (в поисках информации про аденины-урацилы) нашла ответ на загадку, так что больше не играю.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 15, 2007 15:57 (UTC) (Ссылка)
Ну и каков же ответ? :)
(Удалённый комментарий)
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 15, 2007 16:05 (UTC) (Ссылка)
Безобразие!!!! :) Это засчитывается за случаное жульничество (уберите подсказку :)
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 15, 2007 16:12 (UTC) (Ссылка)
Маш, надеюсь, Вы не обидитесь на делит - а то смысл пропадает?
vigna From: vigna Date: Июнь, 15, 2007 18:37 (UTC) (Ссылка)
Естественно, нет. Хотя того же эффекта можно было бы добиться, заскринив коммент (там есть такая кнопочка с глазом).
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 18, 2007 08:37 (UTC) (Ссылка)
О, спасибо - у меня еще не все опции освоены, теперь буду знать.
From: (Anonymous) Date: Июнь, 17, 2007 01:19 (UTC) (Ссылка)
Золото.

Приз... Неловко за столь простые задачки призы получать.
30 секунд датамайнинга.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 18, 2007 08:36 (UTC) (Ссылка)
Если датамайнинг заключался в поиске ссылки на сайт института - таки неловко. Тем более, для анонима. Если нечто другое навело Вас на эту здравую мысль, то тогда озвучьте логическую цепочку и состояние золота в крабиках - и приз будет Вашим на совершенно законных основаниях. Если же и эта задача для Вас слишком проста - за идею механизма сборки получите в качестве приза совместную публикацию в Nature Nanotechnology.
From: (Anonymous) Date: Июнь, 19, 2007 02:13 (UTC) (Ссылка)
>Если датамайнинг заключался в поиске ссылки на сайт института - таки неловко.

Был я на сайте института, подтвердил первоначальную догадку, что это золото. Вышел на http://phyche.ac.ru/Directions/trend/1_nano без использования Ваших персональных данных, только следуя тексту, сопровождавшему загадку. Датамайнинг "на коленке". Знать Ваше имя и место работы было необязательно. Никаких жульничеств.

>Тем более, для анонима.

Вам не нравятся анонимы? У меня нет блога.
Вот почти все мои знакомые ведут дневники. Сплошь и рядом. Мода такая что ли? И каждый норовит поинтересоваться, когда же уже и я окажусь в этой когорте.
Ну не хочу я вести блог.

Вот совсем недавно один умный человек у себя в дневнике написал:
"Принцип первого "Н - никогда". Это первая ступень, предназначенная к освоению на пути к независимости.
Никогда не делай того, что от тебя ждут или того, что тебе полагалось бы делать по общему соглашению.
Применительно к человеческим реалиям, это означает (можно применять скопом, можно по отдельности - это труднее, так для того, чтобы выбрать правильно, уже нужна известная независимость) ..."(с)

Абсолютно согласен, так всю жизнь и поступаю.
Таки да, я аноним.

Одно Ваше слово, и я покину Ваш дневник навсегда.

>Если нечто другое навело Вас на эту здравую мысль, то тогда озвучьте логическую цепочку

Скорее ассоциативную, чем логическую. Каждый видит на заляпанном чернилами листе свое, Вы увидели крабика, я другое. Если озвучу, смеха будет, дилетант в кругу профессионалов. Нечего позориться. Я не химик, и в тексте, сопровождавшем загадку не понял ничего. Вообще. Оно и не потребовалось.

>состояние золота в крабиках ... приз будет Вашим ... совместную публикацию

Помилуйте, о чем Вы...
У меня другая профессия, Ваша загадка оказалась для меня прекрасным упражнением по анализу текста из совершенно незакомой предметной области. Много новых слов узнал. Жаль только, слишком просто оказалось. Потому и назвал "простой задачкой" и упомянул неловкость. Подчеркиваю - "просто" оказалось ответить на поставленный вопрос "из чего сделаны "крабики" и "кораллы". Получить "крабики"в лаборатории, подозреваю, совсем непросто.

leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 19, 2007 09:32 (UTC) (Ссылка)
Ну так озвучьте же цепочку, елки-палки - интересно, все-таки. Насчет дилетанта - не беспокойтесь, загадка для профессионалов не предназначалась вовсе (с пофессионалами "играют" в такие игры на конференциях и семинарах, а не в блогах). Тем более интересно, как ассоциативный язык других- специальностей позволяет человеку находит правильный ответ в "чужой" области. Если Вы увидели что-то до крайности неприличное вместо крабиков, тогда, м.б., и не стоит озвучивать - а если приличное, то почему нет?
Анонимы меня не смущают - меня смутил датамайнинг. Если человек знал, где прочитать ответ - это одно, а если догадался и подтвердил - совсем другое. Вы совершенно честно заслужили приз - ну так и выбирайте, а заодно - окажите нам любезность - поделитель интереной ассоциацией.

Я почему настаиваю - для ученых это важно - владеть и отвелеченными ассоциациями в том числе. Как говаривал один дядька, стараниями которого в мире потом черт знает что случилось - замкнутость в собственной профессии есть профессиональный кретинизм. Вот с ним и боремся (с кретинизмом, а не с дядькой - с ним уже разобрались естественным образом) - и Ваша помощь была тут весьма кстати.
From: (Anonymous) Date: Июнь, 19, 2007 16:26 (UTC) (Ссылка)
>Ну так озвучьте же цепочку
Мда, "растекашеся мысию по древу" неизбежно, терпите, Вы этого хотели.

С химией я последний раз имел дело, когда слушал односеместровый одноименный курс в техническом ВУЗе в 1988 году. Школьную программу и процесс получения воинской специальности "химик-дозиметрист" в Советской Армии не стоит и упоминать. Так что из текста Вашей загадки я не понял ни-че-го. Буквально. Однако, задача есть, и решать ее надо.

Решаем задачу - ищем ответ на вопрос "из чего сделаны "крабики" и "кораллы"?

Золото - была первая мысль. Логическая (точнее, ассоциативная) цепочка, не цепочка, а невнятный поток сознания.
Примерно такой:
"какие еще крабики, это же звезды, звезды с протуберанцами,это ж фото через телескоп, а не микроскоп, красота какая, бесконечность Вселенной, о Господи, воистину, велик замысел Твой, насколько же большое подобно малому, и наоборот, бесконечные энергии больших звезд, энергии малой нановселенной, там свои звезды, звездная батарея, там же золото, золото!!!"
Вспомнилась нашумевшая в прошлом году "звездная батарея"(полагаю, Вы слышали о ней), использование в ней золота запомнилось.
http://www.dubna.ru/news/7/2006-05-25
http://www.runewsweek.ru/rubrics/?rubric=technology&rid=1159
"Ученые научились внедрять в кремниевую пленку толщиной всего в 0,5 мм наночастицы золота."(с)
Таким вот образом. Никакой логической аргументации, по сути, поток ненаучного бреда, однако, что это золото, я был уверен совершенно.
Вот так бредовые ассоциации/интуитивности/непоймичто приводят к правильным ответам. Иногда. Смешно получилось.

В любом случае, предположение надо либо подтвердить, либо опровергнуть. Так как по прдметной области сказать нечего, придется браться за текст. Методов анализа текстов (даже если предметная область незнакома совершенно)превеликое множество: структурирование, реферирование, построение различных диаграмм, карт, выявление скрытых закономерностей, текст можно представить в виде взвешенного графа и подвергнуть анализу его, и еще много приемов, не суть.

Итак, датамайнинг "на коленке", "от сохи", можно сказать, поскольку задача несложная.

Ваш исходный текст (без картинок)

"Пленка Ленгмюра-Блоджетт (ПЛБ) толщиной 40 нанометров на основе дифильного макроцикла, содержащего серебро. Пленка химически "проштампована" мягкой гелевой литографией с помощью рельефного кусочка агарозы, содержащей иодистый калий.
Дорожковые смешанные структуры сульфидов свинца и меди, выращенные с помощью направленной диффузии в пленке стеарата кальция (толщина пленки около 20 нм).
То же самое с бОльшим увеличением,снятое электронным микроскопом.
ПЛБ-"салфетка" из очень простых веществ - стеариновой кислоты и октадециламина (попросту - почти что из мыла) с перпендикулярными и параллельными каналами. Получено субстрат-индуцированным фазовым распадом. Схема механизма сборки "двойных плоскостей" (вместо двойной спирали) из нуклеотидов на макроциклических нанотемплатах (гордись, страна!)."

Ввиду краткости текста, воспользуемся методом "экстремальное реферирование" - выкидываем "мусор"(во избежание непонимания: "мусор" - термин, а не оценка). Избавляемся от химических элементов, их соединений, количественных данных и т.д. Оставляем процессы и понятия. Процессы - следующие кандидаты на выбывание. Ваш текст после реферирования.

"Пленка Ленгмюра-Блоджетт" "дифильного макроцикла" "гелевой литографией" "смешанные структуры" "направленной диффузии" "фазовым распадом" "двойных плоскостей" "макроциклических нанотемплатах" - китайская грамота :) Разобраться, что это и как, в разумные сроки невозможно, поэтому...

Воспользуемся гуглом в качестве статистического индексера, не самый релевантный инструмент, но для нашей цели пойдет. Нас интересуют элементы, встречающиеся от 1 до 100 раз, если больше - явно надо копать глубже. Формат: элемент Вашего текста - количество ссылок в Сети.
From: (Anonymous) Date: Июнь, 19, 2007 16:28 (UTC) (Ссылка)
Не уместилось.

смешанные структуры - 1 130 000
фазовый распад - 103 000
направленная диффузия - 80 400
Пленка Ленгмюра-Блоджетт - 617
гелевая литография - 231
Чересчур много ссылок.

дифильный макроцикл - 1
макроциклический нанотемплат - 0
"двойные плоскости" - 7
Бинго, первая же ссылка - http://phyche.ac.ru/Directions/trend/1_nano дурацкая, ни на чем не основанная, догадка подтверждена.

Если сразу выбросить и процессы, остались бы только "Пленка Ленгмюра-Блоджетт" и "двойные плоскости", результат был бы получен быстрее, но я их оставил, ибо химии не знаю.

Такие дела, все просто.
Разочарованы?

Датамайнинг, вообще говоря, не только поиск в Интернете. Это малая часть, не самая сложная. Интернет под рукой всегда, что несколько упрощает дело. Подобное реферирование, скажем, книги, страниц этак в 600, ОЧЕНЬ сложная задача, а массивы информации колоссальны, вычислительные ресурсы нужны соответствующие :) Датамайнинг - не панацея, он дает результат, когда результат существует.

А дядька, к сожалению, не дурак был, некоторые его книги почитать полезно весьма. А так, конечно, "эксперт - человек, который знает все больше и больше о все меньшем и меньшем, пока не будет знать абсолютно все абсолютно ни о чем". И у К.Пруткова что-то о флюсе было. Вам по поводу замкнутости в профессии беспокоится нечего, Вы уже в "Т", это очевидно. Я имею ввиду "те, кого в IBM называют T-shaped people, то есть люди, которые могут похвастаться глубокими познаниями (вертикальный штрих литеры) и в инженерных областях (правый край горизонтальной планки), и в гуманитарных (левый край горизонтальной планки). Другими словами, дикая помесь физика и лирика в одном лице."(с)отсюда http://offline.computerra.ru/2006/663/296288/ - не исключаю, что Вам будет интересно о создании науки в корпорациях.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Июнь, 21, 2007 12:18 (UTC) (Ссылка)
Ну что же - не разочарована нисколько, приз Ваш - выбирайте и сообщите пути доставки (информацию заскриню или пишите на мейл savanna-dream@mail.ru)
26 комментариев or Оставить комментарий