?

Log in

No account? Create an account
entries friends calendar profile Мой сайт Previous Previous Next Next
Не мусорить! - Ничего лишнего
Вашу логику повесьте здесь
leolion_1
leolion_1
Не мусорить!
Взяла у dok_zlo ссылку на пост Дениса Тулинова в фейсбуке о "мусорных" участках ДНК и о том, что они обеспечивают информационное сопровождение организма неизвестным ранее способом.
https://www.facebook.com/den.tulinov/posts/1027735753950722

"Мусор" в геноме это одна из тех вещей в биологии, которая всегда казалась мне в высшей степени сомнительной. По двум причинам -потому, что примитивизировала представление об обеспечении связной функциональности организма до карикатурного, и потому, что делала энергетические затраты на "вывоз" мусора и его обслуживание несоразмерными и растущими непропорционально по сравнению с обслуживанием функций при усложнении организма.

Метки:

34 комментария or Оставить комментарий
Comments
rusty_spur From: rusty_spur Date: Декабрь, 9, 2015 06:50 (UTC) (Ссылка)
Что то мне сразу эндогенные ретровирусы вспомнились...
leolion_1 From: leolion_1 Date: Декабрь, 9, 2015 07:08 (UTC) (Ссылка)
Природа не так глупа, как ее создания, все, что может быть использовано, идет в дело именно для сокращения затрат. Вот уж чего природа не склонна тратить понапрасну, так это энергию на сборку чего-либо.
rusty_spur From: rusty_spur Date: Декабрь, 9, 2015 07:11 (UTC) (Ссылка)
Таки и я о том, если вирус остался в геноме, значит от него есть определенная польза (превышающая вред. Название и номер, как пример, на раз не вспомню...).
leolion_1 From: leolion_1 Date: Декабрь, 9, 2015 07:19 (UTC) (Ссылка)
Я так и поняла, вполне разделяю)
rusty_spur From: rusty_spur Date: Декабрь, 9, 2015 07:22 (UTC) (Ссылка)
А если еще посмотреть в динамике, сегодня рецептор лишний, а завтра раз и резистентность к ВИЧ...
nenastja From: nenastja Date: Декабрь, 9, 2015 07:30 (UTC) (Ссылка)
Или просто вред от него мал. Польза может быть и равно нулю.
rusty_spur From: rusty_spur Date: Декабрь, 9, 2015 07:34 (UTC) (Ссылка)
Помните продажи "в нагрузку"?
nenastja From: nenastja Date: Декабрь, 9, 2015 07:15 (UTC) (Ссылка)
Прочитала новость, и не изменила свое мнение: ученые до сих пор ничего не понимают, просто классифицируют "мусорные" участки разными алгоритмами.

Я не считаю, что природа стремится к совершенству во всем, так что не удивлюсь, если однажды обнаружат, что существенная часть "мусора" - это и правда мусор.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Декабрь, 9, 2015 07:19 (UTC) (Ссылка)
Она не стремится к совершенству, что она, дура, что ли) Она стремится к минимизации энергетических затрат, вот это факт. Воспроизводство мусора это лишняя трата, и именно потому она сомнительна.
nenastja From: nenastja Date: Декабрь, 9, 2015 07:28 (UTC) (Ссылка)
Удаление мусора - тем более трата. Отслеживать, где мусор, а где еще может пригодиться если постирать и заштопать - это сложная задача. Лучше быть генетическим Плюшкиным.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Декабрь, 9, 2015 07:30 (UTC) (Ссылка)
Вовсе не лучше, плюшкинизм всегда заканчивается угасанием функций под гнетом затрат на обслуживание мусора, оставляя его именно мусором. Природа никогда и нигде так не делает, в этом смысле процессы в живом от процессов в сложном неживом неотличимы. Просто потому, что любое безмусорное энергетически выигрывает по сравнению с мусорным, и это просто термодинамический факт.
Проблема в том, что биологи видят только оставшийся "мусор", а выброшенный - нет.
nenastja From: nenastja Date: Декабрь, 9, 2015 07:43 (UTC) (Ссылка)
Я пока вижу основную проблему в формулировке фальсифицируемой гипотезы. Как узнать, является ли мусором чайник rusty_spur?

Чтобы зайти в минимум энергии иногда приходится такой барьер преодолевать, что система иногда посмотрит на него, вздохнет, да и останется на миллион лет в метастабильном состоянии. И это тоже термодинамический факт.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Декабрь, 9, 2015 08:27 (UTC) (Ссылка)
Такой фокус на стреле времени можно себе позволить раз или два. Глубокие минимумы на дороге не валяются.
Я имею в виду, что из минимума вам тогда вообще не выйти, равновесие это смерть.
В живом такие истории не работают ровно по той же причине, по которой высокоэффективное производство с минимумом брака и отходов выигрывает у низкоэффективного.



Edited at 2015-12-09 08:32 (UTC)
rusty_spur From: rusty_spur Date: Декабрь, 9, 2015 07:21 (UTC) (Ссылка)
Вот я в командировки беру чайник на два стакана и пакетики. Иногда в отелях есть чайник и чай. Становится ли чайник мусором?
nenastja From: nenastja Date: Декабрь, 9, 2015 07:29 (UTC) (Ссылка)
Если чайник сломан, то да.
rusty_spur From: rusty_spur Date: Декабрь, 9, 2015 07:32 (UTC) (Ссылка)
А если нет, как сторонний наблюдатель отличит его от забытого билетика на прошлый рейс?
nenastja From: nenastja Date: Декабрь, 9, 2015 07:40 (UTC) (Ссылка)
Сторонний наблюдатель сейчас даже не знает, сломан ли чайник :)
rusty_spur From: rusty_spur Date: Декабрь, 9, 2015 07:41 (UTC) (Ссылка)
ВотЪ
vlkamov From: vlkamov Date: Декабрь, 9, 2015 08:05 (UTC) (Ссылка)
Пару лет назад спорил с молекулярной биологиней, что т.н. "мусорные" тоже что-то кодируют, только мы еще не знаем что.

Впрочем, не удивлен, 10 лет назад другая молекулярная биологиня "доказывала" мне, что у молекул нет формы.
leolion_1 From: leolion_1 Date: Декабрь, 9, 2015 18:06 (UTC) (Ссылка)
Или не знаем, как.

В смысле - нет формы? Что она имела в виду?
vlkamov From: vlkamov Date: Декабрь, 9, 2015 18:46 (UTC) (Ссылка)
Кажется velta_1 в ЖЖ.
"Самфшоке", не могу сообразить что имела в виду. Причем я даже нашел, что какой-то товарищ был нобелирован за открытие формы молекул !
Изображения показывал, картинки с моделями.
Жалко, что такого видео в те годы не было
https://www.youtube.com/watch?v=uSGW9o2MjIE

herasim From: herasim Date: Декабрь, 10, 2015 07:10 (UTC) (Ссылка)
А цвет молекулы тоже имеют, судя по видео? Вон, там кинезин коричневенький, а тубулин такой зелененький...
vlkamov From: vlkamov Date: Декабрь, 10, 2015 07:13 (UTC) (Ссылка)
"тубулин" - что бы это значило ?
herasim From: herasim Date: Декабрь, 10, 2015 07:54 (UTC) (Ссылка)
Материал из Википедии — свободной энциклопедии

Тубули́н — это белок, из которого построены микротрубочки. В них, а также в цитоплазме клеток он находится в форме димера, состоящего из двух форм — α- и β-тубулина.
vlkamov From: vlkamov Date: Декабрь, 10, 2015 07:58 (UTC) (Ссылка)
трубочки :-)
herasim From: herasim Date: Декабрь, 10, 2015 08:13 (UTC) (Ссылка)
Микро притом. Ваще, да?
vlkamov From: vlkamov Date: Декабрь, 10, 2015 08:15 (UTC) (Ссылка)
Собственно разговор шел не о размерах.
herasim From: herasim Date: Декабрь, 10, 2015 08:32 (UTC) (Ссылка)
Т.е. размер не имеет значения? ОК. А что имеет?
vlkamov From: vlkamov Date: Декабрь, 10, 2015 07:15 (UTC) (Ссылка)
Строго говоря могут иметь цвет. Например гемоглобин - красный.

.. опять "-глобин", да они сговорились, что ли ?!
herasim From: herasim Date: Декабрь, 10, 2015 08:07 (UTC) (Ссылка)
Это гем красный. На просвет. А глобин нет.


herasim From: herasim Date: Декабрь, 9, 2015 08:40 (UTC) (Ссылка)
Термин "junk DNA" в среде геномщиков устарел тому лет 20 назад, с началом масштабного секвенирования. Что там кодируется, известно %% на 90, другое дело насколько это кодирование функционально. В большинстве тканей повторы наглухо метилированы и не экспрессируются, что не исключает их нужности в неких особых случаях.
А тем, кто интересуется всякими эндогенными ретровирусами, советую почитать роман Бэра Darvin's radio. Настоящая научная фантастика, по науке не придерешься, и сюжет завлекательный. Точно интереснее фейсбука.
flitched9000 From: flitched9000 Date: Декабрь, 9, 2015 18:03 (UTC) (Ссылка)
Прювет г-дам ик-оно-мистикам!

Да, не тому разговорник подарили...
leolion_1 From: leolion_1 Date: Декабрь, 9, 2015 18:05 (UTC) (Ссылка)
А кому надо было?
burduh From: burduh Date: Декабрь, 11, 2015 04:12 (UTC) (Ссылка)
В этом чудо какое-то есть и напоминалочка: one man's garbage is another man's luggage)

А так, конечно, привет теории информации: шум - это ровно то, что мы за шум принимаем в данных условиях. В музыке, биологии или интернете)
34 комментария or Оставить комментарий